با تغییر رویکرد در ارزیابی شرکت‌ها، در قانون ۳ نوع معافیت مالیاتی برای ۳ دسته شرکت دانش‌بنیان، نوپاها و شرکت‌ها و مؤسسات دارای پروانه بهره‌برداری در نظر گرفته شده است.
به گزارش ایسنا، با هدف جهت‌دهی حمایتهای مالیاتی به سمت توسعه نوآوری و اقتصاد دانش‌بنیان بر اساس بند (ب) ماده (۱۱) قانون جهش تولید دانش‌بنیان شرکت‌های دارای فعالیت‌های تحقیق و توسعه از اعتبار مالیاتی برخوردار می‌شوند. به این نحو که معادل هزینه های انجام شده در پروژه های تحقیق و توسعه به عنوان اعتبار مالیاتی با قابلیت انتقال به سنوات آتی به شرکت های دارای پروانه بهره برداری یا مجوز فعالیت از مراجع ذی‌ربط اعطا می‌شود و معادل آن از مالیات بر عملکرد مربوط به سال انجام هزینه مذکور یا سال های بعد کسر می شود.
در واقع معافیت مالیاتی نوعی از حمایت معاونت علمی ریاست‌جمهوری از شرکت‌های دانش‌بنیان است که تا به امروز به این شرکت‌ها تعلق گرفته است؛ درآمد حاصل از فروش کالاها و خدمات دانش‌بنیان سطح متوسط تا پیشرفته تا سقف ۱۰ میلیارد تومان معاف از مالیات هستند.
اعتبار مالیاتی امتیاز تشویقی برای شرکت در برخی از حوزه‌ها است و با توجه به میزان امتیاز، برای هر شرکت میزانی از پرداخت مالیاتی آنها در بخش‌های تحقیق و توسعه و سرمایه‌گذاری کاسته می‌شود.
اعتبار مالیاتی تحقیق و توسعه به شرکت‌های دارای پروانه بهره برداری یا مجوز فعالیت که دارای فعالیت‌های تحقیق و توسعه‌ای هستند، تعلق می‌گیرد. شرکت‌هایی که در بخش تحقیق و توسعه سرمایه‌گذاری کنند معادل آن سرمایه‌گذاری از اعتبار مالیاتی بهره‌مند می‌شوند. شرکت‌ها می‌توانند از این اعتبار برای مالیات بر عملکرد همان سال و یا حتی سال‌های بعد استفاده کنند.
شاخص‌های تایید پروژه‌های تحقیق و توسعه شامل «دارا بودن برنامه و خروجی مشخص»، «سطح فناوری محصول نهایی پروژه متوسط و رو به بالا»، «جدید در سطح صنعت مربوط در کشور» و «تسلط فنی در پایان پروژه» می‌شود. بر این اساس این پروژه‌ها می‌توانند در انواع تولید محصولات یا خدمت جدید، ارتقای محصولات یا خدمات فعلی و بهبود فرآیندهای تولید و عملیات باشند
